Hamerský potok pramení u Horních Dubenek na Vysočině, odkud se ubírá na jihozápad. Po cestě napájí řadu rybníků, například Ratmírovský či Nadýmač, a po průtoku jindřichohradeckým Vajgarem a Malým Vajgarem se pod kulisou jindřichohradeckého hradu a zámku vlévá do řeky Nežárky.

Podle aktuálních informací Povodí Vltavy voda v jihočeských vodních tocích kvůli dešťům znatelně stoupla, dramaticky zvýšené hladiny však prozatím nikde nehrozí.

Ve středu zhruba mezi pátou a šestou hodinou večerní se na první stupeň povodňové aktivity dostal Hamerský potok na Jindřichohradecku s hodnotou 81 centimetrů (hladina se běžně drží pod hranicí 50 centimetrů).