Roku 1513 došlo k velkému požáru Milevska, který zdejší obyvatele přivedl z velké části na okraj bídy. Tehdejší vrchnost Jindřich ze Švamberka se snažil svým poddaným pomoci. Vymohl pro ně u krále Vladislava II. Jagelonského různá privilegia a zároveň někdy v této době, tedy kolem roku 1520, došlo ke stavbě nevelkého kostelíka, který stál na zdejším náměstí a byl zasvěcen sv. Bartoloměji. Švamberkové měli tohoto světce tradičně ve velké oblibě. Správu kostela vykonával už od jeho vzniku milevský klášter. Město jej převzalo do přímé správy až od 2. května 1858.
V polovině 19. století však počet milevských obyvatel stoupal a kostelík, který navíc nebyl v nejlepším stavebním stavu, přestával dostačovat potřebám věřících. Na milevské radnici se tehdy rozpoutala velká diskuze, zda stávající kostel jen opravit, nebo jej raději zbourat a vystavět nový. Hlavním iniciátorem stavby nového kostela byl mistr soukenický a pozdější purkmistr František Cukr, kterému se po delším úsilí podařilo získat pro stavbu i ostatní městské radní včetně purkmistra Sebastiána Šebka. Tak začala dlouhá a klopotná anabáze zajištění stavby po stránce finanční i technické, která trvala více než dvacet let.
Kostel měl být stavěn jako votivní, tedy jako poděkování za záchranu života císaře Františka Josefa I., na něhož byl v únoru 1853 spáchán atentát. Mladého panovníka onoho zimního dne během procházky na vídeňských hradbách napadl nožem maďarský krejčovský tovaryš (ale také revolucionář) János Libényi. Zranění bylo vážné, ale císař měl štěstí a za několik týdnů se uzdravil. Jako díkůvzdání za záchranu císařova života byl ve Vídni na nynějším Rooseveltově náměstí postaven známý kostel Votivkirche a votivní kostel měl vzniknout také v Milevsku.
Nedostatek peněz
Hlavním problémem u většiny staveb je mít dost finančních prostředků. Taková potíž vyvstala záhy také v Milevsku. Proto už roku 1854 byla vyhlášena sbírka. Příspěvky byly ovšem malé a jejich výše se pohybovala od jednoho do třiceti krejcarů. Celkem bylo z těchto drobných darů vybráno 346 zlatých a 18 krejcarů. Největším oficiálním přispěvatelem se stal někdejší rakouský císař Ferdinand V., který v té době už v klidu dožíval své dny na Pražském hradě. Bývalý panovník věnoval na stavbu kostela 1000 zlatých. Po stovce věnovali také bechyňský kníže Paar nebo budějovický biskup Jan Valerián Jirsík. Padesát zlatých daroval pro tento účel také kovářovský farář Antonín Kypta, pro něhož to byla patrně velká část jeho úspor. Kníže Schwarzenberg poskytl zdarma veškeré stavební dřevo a k tomu ještě 20 tisíc tašek z květovské cihelny. Město Milevsko vyčlenilo pro stavbu výtěžek z prodeje dřívíz obecního lesa ve výši 2625 zlatých. Někteří drobní dárci se připojovali do sbírky ještě v průběhu stavby. I tak však bylo jisté, že získané peníze nebudou stačit. V červnu 1861 odevzdal táborský architekt Maxmilián Schimanovski stavební projekt. Finanční rozpočet dosahoval částky 19 997 zlatých, a v tomto součtu ještě nebylo započteno bourání starého kostela a odvoz materiálu. Předpokládalo se, že tyto práce budou místními lidmi vykonány zdarma.
Dne 19. července 1862 se v Národních listech objevil podrobný popis dražby stavby nového milevského kostela. Dnes bychom řekli, že bylo vyhlášeno výběrové řízení. Vítězem se stal táborský stavitel Josef Mrazík. Stavba měla začít v září 1862 a dohotovena měla být na konci roku 1864. Ani jeden termín ale nebyl dodržena město se navíc se stavitelem soudilo. Stavbu přesto dokončil.
Ještě předtím, dne 23. ledna 1963, se konala slavnost odsvěcení starého kostelíka a v únoru začalo jeho bourání. Opěrné pilíře byly pevnější, než se očekávalo, proto musel ke slovu přijít střelný prach.
Základní kámen nového kostela
Dne 7. září 1863 byl při velké církevní slavnosti strahovským opatem Jeronýmem Zeidlerem položen základní kámen nového kostela. Ozdobné zednické nářadí zhotovené jen pro tuto příležitost je dnes uloženo v Milevském muzeu.
Protože peněz bylo na stavbu stále málo, přikročilo město také k zavedení nápojové dávky, takzvaného pivního krejcaru. Peníze tak získané pomohly i k pořízení části kostelního inventáře. Nový kostel byl vysvěcený 26. srpna 1866 biskupem Janem Valeriánem Jirsíkem.
Vladimír Šindelář, ukázka z knihy Moje Milevsko, kterou vydalo Milevské muzeum