Z vraždy byla obžalována jeho manželka Marie, z nadržování jejich syn, který měl s matkou společně uložit mrtvolu do kufru fordu a později odstranit z místnosti koberec se stopami činu. K činu mělo dojít nejspíš 1. listopadu 1996 v rekreační chatě v Chlumu u Křemže.

Obžalovaní skutky popírají. Obviněná uvedla, že na chalupu přijel ráno manžel s tím, že jede do Prahy vrátit sestře dluh. Když se nevracel, volali příbuzným, ale ti řekli, že ho neviděli.

Podezření na členy rodiny utužovala mj. okolnost výměny koberce z chalupy v polovině listopadu z důvodu údajného opotřebení a polití černou barvou. Rozřezaný skončil na skládce mezi Chlumem a Holubovem, odkud si jej odnesl a později vydal jistý místní občan. Chemickou expertizou na něm byly zjištěny částice mědi a olova, "které by mohly pocházet" z povýstřelových zplodin. Jevily druhovou shodu se zplodinami na oděvu mrtvého.

V souvislosti s kobercem předseda senátu četl záznamy odposlouchávaných hovorů družky obžalovaného v listopadu 1997, v nichž jeho matka urgovala vyzvednutí mj. "té šedivé věci" v chatě. Ta potvrdila, že šlo o odstřižek zmíněné krytiny: chtěla jej prý dát advokátovi, aby koberec nikdo nezaměnil, když už si v chatě policie dělala, co chtěla…

U soudu vypovídala dávná přítelkyně poškozeného, se kterou se na podzim 1996 znovu v Čechách sešel. Skoro denně jí telefonoval. Říkal, že se chce nejpozději do konce roku natrvalo vrátit z Mnichova do Čech, že se s manželkou nesnášejí, že od ní odejde. Chystal se přijet na Dušičky, ale už se neozval. Před Vánocemi jí v telefonu nadávala a vyhrožovala žena, v níž prý podle tónu hlasu, způsobu mluvy a výrazů poznala po dvaceti letech paní L.

Podle jeho sestry vztahy bratra s obžalovanou nebyly špatné, neprojevil úmysl odejít od rodiny. Míval prý nějaké ty aférky a kvůli nim konflikty s žárlivou manželkou. I bratr zemřelého řekl, že vztahy v jeho rodině byly normální, neví, že by Josef chtěl odejít. Švagrová obžalované uvedla, že Josef nechtěl, aby s nimi žil syn z prvního Mariina manželství; domnívá se, že rodinu v poslední době spojoval majetek, nemovitosti, ale švagr s manželkou nejednal nepatřičně, byl k ní slušný, starostlivý.

Motivem podle orgánů činných v trestním řízení mohla být žárlivost či údajný záměr Josefa L. od rodiny odejít. Krajský soud v Českých Budějovicích ale pozůstalé v září 2000 obžaloby zprostil. Nepodařilo se dokázat, že k činu došlo na chalupě v Chlumu. Chemické částice na koberci a oděvu mrtvého k usvědčení nestačily - jevily pouze druhovou shodu. Přímé důkazy v tomto případě nebyly zajištěny a nepřímé netvořily ucelený řetěz.