Díla Jana Novotného vznikají v jeho ateliéru, který si vybudoval po náročné rekonstrukci starého domku vedle židovské synagogy v Soukenické ulici v Písku. Oblíbeným motivem Jana Novotného je rodné město. „Rád ztvárňuji také ženy, které kreslím a dělám třírozměrné. Zabývám se rovněž tématem současnosti a kyberprostoru, protože chci tvořit aktuálně a vidět svět kolem sebe. Dělám také rád témata z mytologie “ říká umělec.

Z jeho tvorby připomeňme reliéf pro písecký hotel Bílá růže, torzo ženy pro hotel v Milevsku nebo památník osvobození Písku americkou armádou. Společně s hercem Petrem Bruknerem a spisovatelem Janem Hlachem je spoluautorem knihy Tři kamarádi z města P. Je rovněž autorem publikace Loutky a odborných knih z oboru řezbářství.